Η Ελένη Καρακάση γεννήθηκε στην Κωνσταντινούπολη και μεγάλωσε στην Αθήνα. Αναγορεύθηκε Διδάκτωρ Κοινωνιολογίας με άριστα από το Πάντειο Πανεπιστήμιο Κοινωνικών και Πολιτικών Επιστημών. Είναι επίσης πτυχιούχος του Τμήματος Μαθηματικών της Σχολής Θετικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Πατρών, με ειδίκευση σε Στατιστική, Θεωρία Πιθανοτήτων και Επιχειρησιακή Έρευνα, και απόφοιτος της Γερμανικής Σχολής Αθηνών. 
Μελετά θέματα του Eλληνισμού της Κωνσταντινούπολης και της καθ’ ημάς Ανατολής εν γένει, προσεγγίζοντάς τα μέσα από τον συνδυασμό της επιστημονικής έρευνας και της βιωματικής εμπειρίας, ενώ παράλληλα αντλεί στοιχεία από τη μακρά οικογενειακή της παράδοση. Είναι εγγονή του Χρηστάκη Ιωαννίδη, του τελευταίου Έλληνα βουλευτή της Κωνσταντινούπολης. Γνωρίζει άριστα Γερμανικά, Αγγλικά και Τουρκικά.